La palabra Guachené viene de la voz guachetá, nombre del cacique Guachené, de una tribu existente en el lugar que poblaba la región en 1870. La tribu pertenecía a los indios paeces que a su vez descendían de los Caribes que llegaron por el Río Magdalena, Cauca, Paila, apoderándose de las partes altas de la cordillera central de los Andes dominando pueblos, de no ser por la llegada de los conquistadores españoles se habían apoderado de todo el Cauca.Los paéces aliados con los Pijaos y los Yaicones fueron una continua amenaza para las poblaciones hasta ser sometidos por los españoles. Su último jefe, el cacique Calarcá murió a manos del jefe aliado Baltasar, amigo de los españoles según la crónica. La tribu de indios a mando del cacique Guachené hacia parte de la población del cacique Calarcá.
Al hoy municipio de Guachené en el pasado, se le quiso, cambiar el nombre por el de Rojas Garrido, quien fue el primer orador negro de su tiempo.
La procedencia de los pobladores negros de Guachené obedece a la política de la corana española de traer mano de obra africana para reemplazar la mano de obra indígena, quienes en 1,546 aparecen los primeros afrodescendientes.
Las industrias principales, la agricultura, ganadería, minería y oficios domésticos fueron las actividades obligadas a la cual fueron forzados los afrodescendientes.
Los esclavos de la Provincia de Popayán procedían de Guinea o del Cabo Verde y se denominaban Balanta, Viafara, Mina, según la región de donde venían o de los nombres de los ríos de Guinea, Ardas, Ararat, Carabalí, Lucumí.
Por los años de 1872 a 1876, el matrimonio formado por Don Antonio Haya y Felisa Feijoo de Haya, propietarios de los Guaduales, formados por tres fincas, donde está hoy Guachené, vendieron pequeñas parcelas a los negros Julián Lucumí, Dámaso Orejuela, los Abonia, los Angola, quienes interesados en la agricultura, fueron los primeros pobladores de Guachené y a quienes se les expidieron las escrituran en que se detalla la propiedad. En el Higuerón a un kilómetro de donde se encuentra hoy Guachené se realizó la primera fundación.
Durante la guerra de los mil días, 1899 a 1902, la población fue escenario de una batalla curiosa, las fuerzas del general Juan Zape de raza negra, y el General Alban, ambos liberales, se enfrentaron por equivocación, mientras las fuerzas conservadoras del General Castillo escapaban sin ninguna baja, aprovechando la oscuridad.
Después de la guerra la población se trasladó un kilómetro del sitio donde fue fundada, o sea donde se encuentra actualmente, de lo que se deduce que la primera fundación de Guachené fue en el año de 1.885.
La primera Inspección de Policía funcionó en Quintero, cuya jurisdicción abarcaba desde Guachené y sus alrededores hasta Padilla. Como primer Inspector de Guachené fue nombrado Ángel Tobías González en 1930.
Históricamente han sobresalido en Guachené, Braulio Sandoval, liberal, primer maestro de los negros; Fabriciano Peña Salinas, primer jefe político de Guachené quien hizo parte del ejercito que participó en la Batalla de Panamá; José Ignacio Mina alias “Cinecio” quien utilizó la política del trueque y exportó cacao a Londres y Estados Unidos; Fabio Villegas, abogado y poeta y Ángel Tobías González, primer Inspector, Tesorero y Personero del Municipio.
En cuanto a la creación del nuevo ente territorial Municipio 1099 del país es de anotar que desde antes de 1967 se tenía noticias de las campañas que venían realizando los pobladores de Guachené para lograr llenar los requisitos que exige la ley para la creación del Municipio, constancia de ello es la Monografía sobre “el estudio de la comunidad rural de Guachené” investigación realizada por estudiantes de la Facultad de Servicio Social de la Universidad del Valle. Luego 30 años después, la comunidad de Guachené vuelve hablar de la municipalidad en 1997, propuesta que es recogida por el Gobernador del Cauca a quien no sólo le sonó la idea de Guachené, sino que también impulso la idea del proceso de municipalización de Villarrica en el norte del Cauca y Piamonte en el sur, iniciativa impulsada por el gobernador Doctor Cesar Negret Mosquera, en el periodo de 1998 al 2000; sólo que Guachené por no cumplir los requisitos de presupuesto y por la falta de cohesión de la dirigencia comunitaria, cívica y política, no lograron cristalizar la iniciativa de la municipalización de Guachené.
En síntesis la municipalidad fue una aspiración y un propósito fundamental de los pobladores de esta región, que se ve refrendado a través de la consulta popular del 26 de febrero de 2006.
